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LocalSCF
LocalSCF ist ein neuartiges Werkzeug, das auf linear skalierende Algorithmen zurückgreift. LocalSCF, das nach der implementierten Methode benannte wurde, ist speziell für schnelle elektronische Strukturberechnungen von großen, komplexen Proteinen gedacht.
Anwendungsbereiche
Das Programm LocalSCF wurde für die schnelle Berechnung elektronischer Strukturen von Proteinen entwickelt. Obwohl es nicht auf die Berechnung von Proteinen beschränkt ist und auch andere Klassen chemischer Verbindungen berechnen kann, sind die Standardeinstellungen in der Software speziell darauf hin abgestimmt.
LocalSCF verfügt über sehr schnelle lineare Skalierungsalgorithmen. Bei kleinen Molekülen mit 10-50 Atomen ist die Berechnung mit Hilfe der SCF Matrix-Diagonalisierung eventuell schneller, weshalb LocalSCF für die Berechnung von Molekülen mit 50 Atomen und mehr geeignet ist.
Der lineare Skalierungsalgorithmus von LocalSCF verwendet lokalisierte molekulare Orbitale. Daher sind molekulare Systeme mit delokalisierten elektronischen Strukturen, wie z. B. Fullerene, nicht für die Berechnung in LocalSCF geeignet.
MOPAC und LocalSCF – eine gute Kombination
LocalSCF und MOPAC teilen dieselbe Rechenengine für semiempirische Berechnungen, sind aber auf unterschiedliche Anwendungsbereiche abgestimmt. Damit ist eine bessere Optimierung des Programmcodes für bestimmte Anwendungen gewährleistet. So ist MOPAC eine allgemeines Berechnungswerkzeug, während LocalSCF speziell auf die semiempirische Berechnung von Proteinen ausgerichtet ist. Beide Programme ergänzen sich, indem LocalSCF die bessere geometrische Optimierung von Proteinen bietet, während der MOZYME Algorithmus als Teil von MOPAC eine schnellere Ermittlung der absoluten Bildungswärme großer Moleküle erlaubt.